ينشط تنظيم "القاعدة" في جنوب اليمن، وتحديداً في محافظتي أبين وشبوة، منذ العام 2007، تاريخ انطلاق الحراك الجنوبي المطالب بالانفصال.

وتدعي قيادات الحراك أن نشاط التنظيم في الجنوب "يأتي بدعم من نظام صنعاء، لتخويف العالم من مستقبل الجنوب في حال نال استقلاله". ويتواجد "القاعدة" في العديد من المناطق الجبلية التي أنشأ فيها معسكراته التدريبية، واستقطب الآلاف من الشباب الجنوبيين للتحضير لخوض معارك إسقاط المدن. في العام 2011، وعند اندلاع ثورة "التغيير" في صنعاء، وانقسام مؤسسات الجيش اليمني، أعلن التنظيم محافظة أبين "إمارة إسلامية". ظل لعام كامل يحكم سيطرته على المحافظة بشكل كلّي - عدا مديرية لودر التي تشكّلت فيها "اللجان الشعبية" وصدّت "القاعدة" - إضافة الى سيطرته على عزان في محافظة شبوة.

اللجان الشعبية التي تشكلت في العام 2011 من القبائل وعناصر الحراك الجنوبي، خاضت معارك كر وفر مع التنظيم في لودر وزنجبار وجعار قتل خلالها المئات من الطرفين. وبعد انتخاب الرئيس عبد ربه منصور هادي في فبراير من العام 2012، خاض الجيش معارك مع التنظيم في مدينتي زنجبار وجعار في محافظة أبين، انتهت بتسوية خروج "القاعدة" من المدن إلى الجبال حاملاً سلاحه وعتاده. وفي مارس من العام 2015 إجتاح مقاتلو حركة "أنصار الله" الجنوب، تشكّلت "المقاومة الجنوبية"، وتم عقد اتفاق وتحالف (غير معلن) بين "اللجان الشعبية" وتنظيم "القاعدة" بحضور قائد "اللجان الشعبية" - حينها - أحمد الميسري، وقيادات من التنظيم. وقضى الإتفاق بوقف القتال بين اللجان والتنظيم لمدّة سنتين، وإعطاء الأولوية لقتال "الحوثيين" وإخراجهم من الجنوب. رفد "القاعدة" جبهات "الشرعية" بمقاتليه وقدّم لها الدعم العسكري والمالي

تنظيم "القاعدة" اعتبر حضوره في "المقاومة الجنوبية" حجر الزاوية، ورفد الجبهات بمقاتليه، وقدّم الدعم العسكري والمالي، خصوصاً أنه كان يمتلك حينها 14 مليار يمني حصل عليها في العام 2014 من عمليات السطو التي طالت بنوك حضرموت. وقال قائد التنظيم، خالد باطرفي، يومذاك، إن مقاتليه يتواجدون في 11 جبهة، حيث يقاتلون "الحوثيين" في المحافظات الجنوبية. وعند احتدام المعارك في العام 2015، بين "المقاومة الجنوبية" بتشكيلاتها المتعددة وبين حركة "أنصار الله" (الحوثيين)، سيطر تنظيم "القاعدة" على مدينة المكلا في حضرموت، وعلى مدينتي زنجبار وجعار في أبين. وبعد خروج "الحوثيين" من الجنوب، خاض جيش "الشرعية" وقوات "الحزام الأمني" معارك "شكلية" انتهت بخروج التنظيم من حضرموت ومن أبين، عبر وساطات قادها زعماء قبليون في الجنوب.

تأزم الوضع في العام 2016 بين التنظيم وقوات "الحزام الأمني"، بعد إقدام الأخيرة على مداهمة بيوت لعناصر "القاعدة" في عدن وأبين. جاء ردّ التنظيم سريعاً، حيث صعّد من عملياته ضد مواقع قوات "الحزام"، ونفذ عملية انتحارية في مقرها بالوضيع، مسقط رأس الرئيس هادي، أوقعت العشرات من القتلى، وتسببت في إغلاق المقر، وانسحاب قوات "الحزام" بشكل كامل. إستمر التنظيم في التصعيد، ونفذ العشرات من العمليات ضد مواقع وقيادات "الحزام". ونشر بياناً يحذر فيه المواطنين في أبين من الإقتراب من مواقع قوات "الحزام الأمني"، وبعدها بيومين اغتال مسلحوه قائد قوات "الحزام" في مدينة لودر، رشدي العلواني، وثلاثة من مرافقيه، نهاية يناير الماضي.
وشهد فبراير الجاري حركة نشطة لعناصر تنظيم "القاعدة" في محافظة أبين. وخاض هؤلاء معارك ضد قوات "الحزام"، أسقطوا على إثرها موقع الخشعة في أحور، وموقعيَ عكد ويسوف في لودر، وهي مواقع عسكرية استراتيجية. كما تمكن التنظيم من إغلاق محافظة أبين من الشرق، وقطع خطوط المواصلات بينها وبين محافظتي شبوة وحضرموت. رجال قبائل وشخصيات اجتماعية ونشطاء سياسيون في أبين حذروا السلطات من سقوط المحافظة مرة ثالثة بيد التنظيم، فيما عزت قوات "الشرعية" في الجنوب، على لسان قائد القوات الخاصة في أبين، سليم المحثوثي، سقوط المواقع إلى انسحاب عناصر "الحزام الأمني" منها لتسليمها لوحدات من اللواء 115، الذي يقوده الشاجري.

مراقبون اعتبروا إخفاق قوات "الحزام الأمني" في تحقيق انتصارات على تنظيم "القاعدة" في أبين نتيجة لعدم خبرة تلك القوات العسكرية والأمنية، حيث لم تخضع لدورات تدريبية، وغالبية عناصرها من خارج المحافظة، إضافة إلى الخلافات بين قيادات "الحزام الأمني" وعناصر "اللجان الشعبيّة"، التي يقودها عبد اللطيف السيّد، الذي من المحتمل - بحسب تسريبات - أن تعطى له قيادة قوات "الحزام" في أبين خلفاً للفضلي الذي يُتّهم بفشله في مواجهة التنظيم. ويُذكر أن معارك الكرّ والفر التي شهدتها أبين مع تنظيم "القاعدة"، خلال السنوات الست الماضية، حصدت مئات القتلى، وشرّدت عشرات الآلاف من أبناء المحافظة.